Trong lịch sử, Negativicutes bao gồm một bộ, Selenomonadales, và hai họ, Veillonellaceae và Acidaminococcaceae, dựa trên sự giống nhau ở trình tự gen 16S rRNA.[8][9] Tuy nhiên, cách phân loại này loại bỏ một số thành viên trong nhóm Negativicutes nhưng phân nhánh bên ngoài hai họ. Quan điểm phân loại hiện tại bao gồm các thành viên đã được gán hợp lệ cho các họ Selenomonadaceae và Sporomusaceae theo thứ tự Selenomonadales được tuyên bố.[7] Các dấu phân tử ở dạng chữ ký được bảo tồn (CSIs) và protein (CSP) biện minh cho các phân chia phân loại hiện tại. Các dấu phân tử này được tìm thấy ở mỗi cấp bậc phân loại, và sự phân bố của chúng phù hợp với sự phân nhánh phát sinh quan sát được.[10][11]

Nhiều nghiên cứu đã cho rằng các Negativicutes nên được phân loại lại thành một bộ trong lớp Clostridia, dựa trên sự phân nhánh phát sinh gần gũi, và sự quan sát rằng các thành viên tạo bào tử của Negativicutes có các gen sinh bào tử tương tự như của Clostridia, và cả hai đều nhuộm gram âm.[10][11] Tuy nhiên, sự không đồng nhất của các thành viên trong Negativicutes, cũng như phân phối phân tử đặc trngư, ủng hộ quan điểm rằng Negativicutes thực tế là một lớp độc lập trong Firmicutes, với Clostridia là họ hàng phát sinh với gen gần nhất của chúng.[9][11][12][13] Ngoài ra, một số CSI và CSP đã được tìm thấy được chia sẻ duy nhất trong số tất cả các Negativicutes, trong khi không có CSI nào được tìm thấy để chia sẻ bởi cả Negativicutes và Clostridia.[7]